En proceso de restauración se inicia a las 12:00 h. del 18 de septiembre de 2017, el equipo de restauración del taller de restauración del Arzobispado de Madrid, junto con el Rvdo. Sr. D. Alfonso Lozano Lozano, Vicario Diocesano, se desplaza a la Iglesia del San Miguel Arcángel, de Villamantilla para inspeccionar la talla del Stmo. Cristo de la Misericordia y determinar su estado de conservación.

El equipo de restauración realiza una propuesta de tratamiento y presupuesto enviado el 12 de enero de 2018, que fue aprobada por la Hermandad del Santo Cristo de la Misericordia.

El 4 de abril de 2018 el Hermano Mayor de la Hermandad D. Julián Zamorano Lozano realiza una visita al taller con el fin de definir todas las cuestiones relacionadas con la citada intervención.
El 21 de abril de 2018 la Hermandad deposita en el Taller de Restauración del Arzobispado de Madrid su sagrada imagen titular para el inicio de su restauración.
En el transcurso de la intervención, que se prolongó durante diez meses, la Hermandad realizó nueve visitas al taller: los días 30 de mayo, 12 de septiembre, 19 de noviembre, 26 de noviembre (junto con el Vicario Diocesano), 29 de noviembre (junto con el Rvdo Sr. D. José Ramón Ivimas Chanchamire, párroco de la iglesia de San Miguel Arcángel), 1 de diciembre, 9 de enero, 14 de enero y 19 de febrero) para llevar a cabo el seguimiento de la restauración, comprobar los avances realizados y realizar diversas fotografías.
Acabada la restauración, la imagen regresó a la Iglesia del San Miguel Arcángel el 23 de febrero de 2019.